一地兩檢，香港社會和政府仍有不少人反對。
從實際執行來看，西部通道的一地兩檢，對本港居民和境外旅客出入境十分方便。這也是西部通道並沒有因過境貨櫃車減少而失去作用的原因：貨櫃車少了，但因一地兩檢過境方便，多了許多原來沒有設想的坐車過境旅客。假若沒有一地兩檢，還是如羅湖、落馬洲、文錦渡那般兩地兩檢，走西部通道過境的吸引力便會大減。
香港一些人反對一地兩檢，不是反對西部通道的一地兩檢，因為那個一地是深圳。他們反對的是在香港境內一地兩檢，怕的是內地官員在香港一檢執法。他們說是在法律上違反「一國兩制」，似乎是為了維護一國制，維護憲法那樣偉大。
問題是，內地官員在出入境方面不能在港執法是甚麼道理。香港回歸，是屬於一國之內的特別行政區。而在其他國家，不同主權國家還可以實行一地兩檢，香港與內地同屬一國，卻不能在香港一地兩檢，在內地便沒有問題？問題背後，應該是對中央政府的猜疑、排斥。
國際上，加拿大到美國乘飛機可在加拿大境內過美國的入境檢查。在法國巴黎乘高鐵過英倫海峽到倫敦，入境亦在巴黎火車站由英國官員處理。美加、英法都是獨立的主權國家，還可一地兩檢。香港不是獨立國家，為甚麼不可以與中央政府在香港境內一地兩檢？這不是自治的標誌，而是獨立的企圖！