馬政府的官員常有自己的意見，衞生署長楊志良因健保費漲價，而政府顧及選票不敢隨意調漲，他認為長久下去將成為政府揹不動的債務，同時提出「年年選舉，禍國殃民」的良心看法，憤然掛冠而去。
這邊廂馬英九還忙着慰留楊志良，那邊廂法務部長王清峰主張廢除死刑又掀起了社會的軒然大波。之前為了時任檢察總長陳聰明是陳水扁的暗樁，民間呼籲法務部早日換人的聲浪極大，但王清峰以「不干預司法」為由置身事外。然今王清峰以法務部長之尊主動提出廢除死刑，卻忽略了應經過立法院修法的程序，絕非由法務部長一人說了算。
三審定讞的死刑犯，只要法務部長大筆一揮，就可剝奪了他的生命，對法務部長而言，未嘗不是極大的壓力。王清峰認為死刑是最危險最殘忍的刑法，應該廢除。這個問題在台灣討論了許久但都沒有結論，正反意見激辯，據民意調查，支持死刑者大於反對者。政府若真的打算廢除死刑，應在立法院內達成共識後修訂執行，且政府也應該有足夠配套措施，讓公平正義伸張，也讓加害者受到應有的懲罰。
王清峰盼用理性取代悲情，台灣社會對廢除死刑擔心就此縱容了罪犯，尤其是受害者的家屬承受了親人慘遭殺害的痛苦，現法務部長卻慈悲對待死刑犯，對他們而言是更加沉痛。
死刑存廢是大哉問題，亦是刑罰權的一部分。王清峰不執行死刑，非但挑戰了法律，也破壞了政府的體制。過去「亂世用重典」，現已漸被「罪刑相當原則」取代，有罪行必有相對刑罰。然而，王清峰的理念不被社會普遍接受，堅持了一天只好求去，下台一鞠躬。馬政府面臨選舉連連，官員頻頻折損，又何能安內攘外？