五都選戰結束，各方對結果各有解讀。不管如何，民進黨主席蔡英文明確表示，為了二○一二年重返執政，將成立智庫，強化兩岸政策論述。有消息說，所謂論述，就是要找一個說法，既不過於偏離民進黨的台獨黨綱，又讓北京抓不到辮子，或者也可以讓北京接受。換言之，就是要把民進黨的台獨黨綱包裝成北京可以接受的「不獨」表述。無疑，這是有相當難度的，但不是做不到。重要的是，只有這樣，北京才不反對綠營執政，甚至有合作的空間，民進黨才更容易從國民黨那裏奪回政權。
但是，蔡英文的這一務實路線還沒有出籠，已經受到挑戰，其中，前副總統呂秀蓮已經多次發炮。一般相信，呂秀蓮還想參加二○一二年大選，並且是以總統候選人身份參加，也因此她的炮火更是有意無意指向蔡英文。例如，很多評論都說，這次五都選舉，民進黨大勝四十萬票，但是呂秀蓮就說，高雄市參選人楊秋興因在民進黨初選輸給陳菊，便脫黨參選，結果也得了四十一萬多票，這其中多數是藍營的票，所以她認為此戰是「打平」。就地方政治版圖來看，北中三都和南二都的人口比例是二比一，民進黨必須面對現實，執政版圖只有台灣的三分之一，而不是以贏了四十萬票來看大局。
和這次五都選舉同時進行的市議員選舉，陳水扁兒子陳致中高票當選，而扁系的「一邊一國連線」在市議員選舉拿下很多席次。由於「一邊一國連線」和呂秀蓮的「GOGOGO連線」成員重疊性高，大家都相信，呂秀蓮將與深綠結盟，挑戰蔡英文的溫和路線。