台北地方法院宣判扁案送賄收賄者均無罪，引發輿論對此案的疑慮與不平，法官引憲法說道理，還是無法向社會說明。台灣傳媒的民調顯示百分之五十五的民眾認為扁案的判決不合理，僅百分之三十三的人認為合理，而只剩百分之十幾的人不清楚也無所謂。
扁案判決無罪對藍營是個極大的衝擊，儘管馬英九一直強調司法獨立，行政無法干預司法，但國民黨重新執政後，一些綠營人馬仍高居政府要職，處處流露綠營思維與行事風格，人民就把這筆帳算在馬英九頭上。
正如藍營的立委說，阿扁無罪，對馬英九是絕對的大傷害，畢竟現在是馬執政，不管法官究竟是不是扁的暗樁，這筆帳絕對由馬英九來承擔。短期來說，對國民黨五都選戰相當不利，因為會讓原本就缺乏熱情的泛藍支持者的心更冷了，在失望悲觀冷漠下含淚不投票了。
因為扁無罪宣判就在五都選前兩個星期，效應不斷地發酵，讓藍營打選戰的人慌了手腳，甚至讓抬轎的人想棄守，尤其對台北市郝龍斌的選情大為不利。
扁案的主審法官周占春成了藍營的箭靶，把一切怒氣不平都發洩在周身上。周占春以他的親綠理念用政治念力來作判決，實是無法說服人心，也感受到馬政府於政黨輪替後的威權不足、公義難張。
執政黨面對如此違背社會正義與常理的判決，卻只能懦弱地說：「社會自有公評。」但台灣民眾在經歷扁政府八年執政的亂象後，期待的是一個強能政府來維持法治和社會價值，而不是一句「尊重司法獨立」就可置身事外的政府。
扁案實是社會公平正義的檢驗，馬政府的威信受到衝擊就因為有如此背離常理的判決，讓台灣社會付出了代價。