台灣五都選舉，一般解讀國民黨贏席次輸選票，輸給民進黨四十多萬票，顯示二○一二年馬英九爭取連任出現重大危機。其實，這還要深入分析。由於高雄出現民進黨的陳菊對國民黨的黃昭順和從民進黨脫黨參選的楊秋興的複雜局面，而泛藍陣營又相當多人玩「棄黃昭順保楊秋興」的策略，結果黃得三十多萬票，楊得四十多萬票，兩人加起來還輸陳菊十萬票。不過，楊秋興的票算藍還是算綠就有爭議。據三禪觀選體會，陳菊已拿盡綠票，楊秋興的票多數是泛藍陣營給的。所以，總得票藍沒有輸綠四十萬票。
不過，就算這樣算，馬英九二○一二之戰還是危機重重。於是，未來一年半，馬英九的大陸政策是向右轉還是向左轉，是最令人擔心的。在台北，有藍營學者說，這次能保住北三都，靠的就是馬英九積極的兩岸政策，故正確的方向應該繼續堅持下去，並且要敢大聲表態，使到藍營的民意能夠更加凝聚。如果馬英九還是患得患失，極力討好綠營，結果綠色選民爭取不到，而藍的也對馬英九心灰意冷而離去。
但是，也有綠營學者說，綠營戰將蔡英文、蘇貞昌因為馬英九的ECFA等大陸政策深得北台灣支持，因此在選戰中已經避開這一範疇的議題；而在二○一二年大選，兩岸政策避無可避，要將北台灣輸掉的選票爭回來，必然要避免太「獨」。
事實上，台灣的兩黨大陸政策都不可能一概而論，而會出現「政經分離」的傾向。具體而言，大陸的經濟紅利，台灣藍綠都要，毫不客氣；但是，維護台灣主體性，也都毫不退讓。