兩岸交流在台灣內部反應呈兩極化：泛藍肯定，綠營質疑。近期為配合第六次陳江會在台北舉行，馬英九政府在報章刊登廣告，強調兩岸交流過程中主權不容損傷，並且維護了「國旗」的尊嚴，不會因大陸人士來台而撤下。如此說法乃為陳雲林來訪而鋪墊。
果然，陳江會後，陳雲林大方地參觀花博會，而圓山區入口前的立體花牆上一整排的中華民國國旗都沒有撤除。花博會方面表示，陳雲林來訪，他們有「四不一沒有」政策：不清場、不張揚、不逾矩、不鬧事，以及沒有安全顧慮。花博會在自信、尊嚴下展風華，馬英九政府的承諾也兌現了。
第六次陳江會前，兩岸氣氛「詭譎」，會前大陸透過各種渠道放話，要求將教育、文化乃至新聞交流等協議引入下次陳江會簽署議題；台灣則認為大陸急於推動這些議題的「問題意識」還不是很清楚，且現階段兩岸的知識產權還未達致共識，故台方堅守防線，暫時冷處理，讓馬英九政府堅守「先經後政」，守住「經貿防線」。陸委會也表示，因應未來談判內容愈來愈實質，談判時間也愈來愈難掌控，開會程序將大變。
其實，台灣更大的關注乃是向北京要價。陸委會主委賴幸媛不斷以「站在人民角度」提到大陸撤導彈與台灣參與國際事務的空間等，期待兩岸把眼光放大放遠，兩岸關係才能走得長遠。
對此，陳雲林表示，撤導彈的相關議題，由於兩岸沒有具體協議以解除敵對狀態，故必須坐下來協商，大陸樂見台灣有更多參與國際事務的空間，但同樣必須坐下來談，前提是不搞「兩個中國」。
馬英九政府的訴求能否再向前推進，似乎有待建立更大的互信及共識。