在釣魚島波譎雲詭之際，馬英九接受了日本媒體NＨＫ的專訪，就台灣對釣魚島問題作了重要的表態。馬英九除了重申釣魚島列嶼是台灣附屬島嶼，台灣擁有主權，並強調台並無意與中國大陸聯手對抗日本，強調希望避免因對於釣魚島列嶼主張不同而使台日關係惡化。
由此可見，在對中美日的關係上，馬英九的戰略布局是傾向美日。事實上，台灣在《美日安保條約》涵蓋範圍之內，故台灣不希望與日本交惡，也不希望和中國大陸聯合保釣，從而失去了美國第一島鏈重要戰略棋子的位置。然而，作為中華民族的一員，兩岸不能為保釣站在同一陣線，共同維護領土主權，實在令人遺憾。
馬英九提出「東海和平倡議」，希望以和平方式解決釣魚島爭端。不過，他其實沒有必要保證決不會與中國大陸合作，因為在中美日的博弈中，採取中立態度，不傾向任何一方，或許更有戰略價值。
馬英九對釣魚島的立場更着重於漁業的利益糾紛，希望與日本重啟漁業協商，合理解決，以減少衝突的機會。可是，今日釣魚島的問題是涉及主權的最高國家利益，而非僅僅漁業利益的糾紛；同時，釣魚島的海域資源比漁業資源更重要。當然，台灣在三強之間難為小，但亦不必明確地選邊站，畢竟政治傾向美日，經濟傾向中國，這是難以達致平衡的取態。
對於香港保釣人士登島後揮舞青天白日旗，馬英九非常在意，向日本解釋事前不知情，為保釣船補給乃出於人道立場，表明台方不准保釣船出海，撇清關係，向日本輸誠，以求與美日站在同一陣線。這番表態乃經過衡量之舉，一方面因為兩岸關係不至於惡化，大陸仍會繼續對台讓利；另一方面，台灣追求與日本簽訂自由貿易協定，強化台日經濟合作，向外多元發展，不能過度依賴大陸市場。