香港發生反修例風波暴亂的深層次原因，實乃香港的行政、立法、司法機關都存在極其嚴重的問題，包括制度、傳統和人事諸方面。這場暴亂正是被這些問題「導向」而出，並給予極大的政治支撐。朝廷指望和要求香港的這「三權」負起止暴制亂的「共同責任」，以為這是他們的「最大共識」，肯定要大失所望。
回歸後，香港在「一國兩制、港人治港、高度自治」的設計下，保留了港英時代的行政、立法、司法制度，對此有原封不動的東西，也有英國人「光榮撤退」、「周密部署」下加以「變革」的東西，例如行政長官和議會成員最終要由普選產生，又如北京為了體現香港的「高度自治」，還「贈送」了一些比港英時代更讓香港有「自主權」的東西，讓香港設立「終審法院」，享有司法「終審權」。
是的，北京一向不承認香港的制度是「三權分立」，然而，這些制度上的改動、變革，卻毫無疑問的加強了「三權」的權力，它們各自為政，遇事絕不可能負起甚麼「共同責任」，尤其是遇到今次暴亂這等重大政治事件，他們更不可能聽北京的話。不管北大人是對行政長官提出要求，還是對立法會、司法機關提出要求，他們都不可能「齊心協力」、「共同負責」，此有制度原因，也有傳統原因。
更讓朝廷有苦說不出的，是人事問題。行政方面，朝廷只能掌握特首和管治高官的任命權，整個公務員隊伍的人事權無法沾手，只要特首對朝廷指令陽奉陰違，行政機關就完全不在朝廷手裏。立法方面，朝廷只能很不得力的掌握部分建制派議員，他們雖然佔了多數，但通常各懷心思，時有內訌，戰鬥力甚弱，常被打得屁滾尿流，朝廷想通過他們掌握立法機關，也很飄渺。司法方面，更是朝廷的短板。按照《基本法》的規定，中央只有對律政司司長、警務處處長、廉政專員具有任命權，而任何一個層級的法官都與朝廷「隔絕」。律政司司長等等的「選人」權在特首、中央任命後，只會聽命於行政長官也。