馬英九第二任期開始近一個月，兩岸關係未如預期加溫，反倒呈現冷卻狀態。
台灣政治大學兩岸和平指標最新一期公布，「兩岸和平溫度計」為三十一點三分，較上一期的六十一點五分大幅滑落超過三十分，與前幾期差異頗大。同樣的，「兩岸互動溫度計」也由上一期的五十七點五分下滑了十二點八分。報告也指出，儘管海基海協兩會仍持續互動與協商，甚至六月底可能簽署投資保障協議，但是兩岸和平的氣氛似乎冷卻許多。
另外，「兩岸和平保障指數」為三十五分，下滑十四分，這顯示民意對兩岸和平保障的信心大幅下降，相當程度反映兩岸政治互動趨冷，政治對話機會不高。更值得注意的是，「台灣政府對大陸人民善意指數」比上一期下跌了十七點六分；「大陸政府對台灣人民善意指數」也從五十二點一分跌落到四十六點九分。需要指出的是，「台灣政府對大陸人民善意指數」首次略微低於「大陸政府對台灣人民善意指數」，也就是說，連台灣輿論都認為馬英九政府冷於北京當局。另外，在負面表述上，「兩岸主權衝突指數」為六十五分，較上一期的四十八點七分上升了十六點三分，回復到前幾期的平均水準，顯示兩岸政治衝突仍然嚴重。
馬英九連任後委託國民黨榮譽主席吳伯雄向大陸提出「一國兩區」，曾使北京的學者有所遐想，期望馬在就職演說中提出「兩岸同屬一中」的兩岸關係定位，但事實令北京失望。為甚麼？三禪想，只能在美國重返亞洲找到答案。馬英九其實知道「冷」的原因。