明愛醫院近年被揭甩漏醜聞兼醫療事故多籮籮,最令人爭議莫過於○八年十二月,五十六歲男子楊德祥在明愛醫院門外心臟病發,詢問處職員被指見死不救。及至去年九月,該院眼科門診更被指摘以對方沒帶身份證為由,要求收取七百元費用外,更延誤九小時治療左眼受傷的陳姓七歲男童,遭陳父批評制度僵化。
明愛醫院保安現漏洞亦早為人詬病,○五年一名二十個月大越南籍男童曾被有虐兒前科的母親脫去病人手鐲後抱走,院方近兩小時後才發現事件,最終警方在事發後九小時尋回男童。
明愛醫院職員道德操守近年亦備受關注,去年一名十三歲長期留院病童的家屬,○六年因發現兒子身上有傷痕,報警及向醫院投訴後,多次遭神秘女子爆粗電話滋擾,警方揭發滋擾電話是由該院宿舍打出,疑醫院女護士所為。
至於公立醫院最聳人聽聞的失竊事件,則屬近年聯合醫院遺失放射性液體(銫137),該院核子醫學部門內存放的一支放射性液體,前年二月無故閉門失竊,院方報警至今,仍未尋回該支銫137。