有學者分析，教區反對《校本條例》的原因，可能是害怕部分與教區理念不一的人進入校董會，並否決教區在學校傳揚宗教信仰的機會。現時教區所屬學校每周安排約兩節宗教課，但對於老師的教學，這變相是少了授課時間，恐怕趕不上教學進度。有傳言說，不少教區學校的家長和教師都支持《校本條例》，認為可給予教師發表這方面意見的空間。

家長和教師的出發點，未必完全符合學校的長遠目標，但《校本條例》已列明，法團校董會加入選舉產生的家長、教師及校友代表只佔四成，辦學團體的校董會代表仍然可佔六成議席；校董會更會成立遴選委員會聘用校長。有人說，除非辦學團體時常不出席校董會會議，否則辦學團體不用擔心失落管理權。

教區敗訴聲明中說《校本條例》「變相將學校一元化」，有人提出反對意見，認為如果由辦學團體一方派人填滿整個校董會的議席，學校行政決策由辦學團體一方全權干涉，而其他持份者包括家長和老師未能在校董會內發表意見，這才是學校一元化的表現。

教區雖被判敗訴，但風波未因官司的落幕而停息，教區仍然可以上訴至終審法院，甚至不惜交還辦學權。屆時一百多所教區學校全線歸還辦學權，才是真正考驗特區政府的時候。