陳馮富珍尋求連任世衞總幹事，中央政府表態支持，曾蔭權隨即以特區政府之名附和。然而，曾蔭權不代表我，亦難說服香港市民支持這因沙士抗疫不力，遭立法會譴責的前衞生署署長。
一九九七年禽流感襲港，陳馮富珍遲遲未對疫症源頭採取行動。市民求自保拒絕食雞，陳馮富珍只顧雞販生意，不顧市民死活，高調公告：「我日日食雞！」更不斷拖延最終證實有效的殺雞行動。結果，共十八人感染，其中六人病死。
二○○三年沙士襲港，當年三月威爾斯醫院出現院內集體感染，香港大難臨頭才如夢初醒。事實上，自當年元旦日，廣東省專家已在珠三角洲多個地點搜集個案資料，並於一月中在省內衞生體系發表報告，明確指出加強醫院內感染控制措施乃防疫核心。陳馮富珍對此重要訊息不獨懵然不知，更力指廣東省老百姓煲醋防疫缺乏科學根據；下屬以英文電傳向廣東省當局索取疫情資料，卻怪責對方沒有回應；時任國家衞生部長張文康在疫症期間訪港不忘盛宴款待。結果，香港成了沙士傷亡全球最慘重城市，近一千八百人感染，其中二百九十九人病死。
二○○九年人類豬型流感大流行，國際專家收受藥商利益誇大疫情，作為世衞總幹事的陳馮富珍卻照單全收，令全球發達地區大量購買用不着的抗病毒藥和疫苗。單單購買幾乎無人問津疫苗一項，港府已浪費了二億多元。