施明德說，時任台北市長的馬英九深夜到他家拜訪，雙方達成共識包括紅衫軍不衝進總統府、國民黨不藉此奪權，若扁下台支持副總統呂秀蓮繼任，至於是否特赦扁，由呂秀蓮決定。

事後看，施明德兌現了自己的承諾，但是，可以看出馬英九當時也是娘娘腔。施明德說，當時除了前監察院長陳履安外，幾乎每個來看他的人都主張要衝，參與的立委也多半支持，連去年底李登輝和他見面時，都說他當時沒帶頭衝進總統府「不夠殺」。

其實，如果當時衝了，反而救了陳水扁，也救了民進黨政權。因為紅衫軍衝進總統府，逼得扁請辭，國民黨不乘機奪權，呂秀蓮接任，則一定會特赦扁及吳淑珍、扁家子女。於是，扁家成員將可以自由出入台灣，其龐大的海外資產不會曝光，扁的歷史定位也不會像今天這樣狼狽、醜陋。其次，呂秀蓮接位，還是民進黨政權，而且還切除了扁家的包袱。

施明德還透露，談及陳水扁下台後怎麼處理，馬、施兩人都支持呂秀蓮繼任，施明德並認為，呂上台後應特赦扁，馬則表示民調並不支持特赦，施反駁指，領導人不應看民調執政，兩人未能達成共識，後來決定，特赦問題留給繼任者決定。

施明德當時力主特赦扁家，顯然是從整個台灣政局穩定考慮，而這個措施出自他自己的政治判斷。馬英九反對特赦，則基於民調。這次，相信他的抉擇也是由民調左右，而不是出自他既有的政治判斷。