由於馬英九將接黨主席的風聲四起，因之吳伯雄此次前往北京被外界視為畢業之旅，他為國民黨打拚也畫上圓滿的句點。馬英九若接任黨主席，最為大家關注的是，明年是否會繼續「國共論壇」而順理成章地舉行國共兩黨首腦會晤，果如此，將開啟兩岸領導人會晤的新頁，也將為兩岸關係的發展定下和平的基調。
事實上，馬英九雖接任黨主席已成定局，但是卻未必會於這一任內訪大陸。馬英九有其階段任務的安排，在現階段他感覺到政治理念無法貫徹，他要做全民總統，提名綠營人士入閣遭到黨籍立委在立法院的杯葛；他要清廉執政卻無法落實，因為國民黨的體質總是與地方派系掛鈎，而無法徹底擺脫黑金及牽涉司法弊案的公職人員。但國民黨的着眼點與馬英九有落差，馬英九要求所有黨籍公職人員必須清廉自我檢視，不能涉及司法案件，而國民黨的標準不同，以派系勝選為主要考量因素。因之，花蓮縣長候選人本提名曾被一審判決有罪的傅崐萁，現已喊卡改為徵召，被認為這是馬英九意志的貫徹。
馬英九接任黨主席另一用意，乃是拿回兩岸政策的主導權。馬英九獲得七成民眾支持當選，但施政最重要的兩岸政策卻掌握在國民黨手中，由連戰到吳伯雄，以「國共論壇」向前推進，而由海基會去貫徹執行，以黨領政失去了馬英九的絕對權威，因之馬英九若當黨主席，自己主導「國共平台」，則大陸政策可收放自如。
馬英九現階段在先經濟後政治的最高指導原則下，可圍繞經濟議題多着墨，而不要迅速進入政治議題，先建立朝野共識，穩住兩岸政策的發展。因此馬英九在朝野沒有進一步凝聚共識前，他是全民總統，不能逕行單獨以國民黨主席的身份赴大陸，馬曾說不排除在他第二任談政治議題，有了這伏筆或許馬的第二任才可能訪大陸。