港大內科學系腦神經內科團隊致力為病人提供適切治療，當中治療急性缺血性中風的新進展，是利用靜脈注射溶栓治療，大幅度提高中風幸存者的身體功能。此治療早於二○一一年已在港大的教學醫院即瑪麗醫院推行，提供一星期七天、每天廿四小時的溶栓治療服務，去年有四十名患者接受治療。另外，隨着腦血管造影技術普及，加上詳細的心臟查驗及新增的血小板抑制劑和薄血藥，更有效預防中風。
瑪麗醫院是全港提供腦深層刺激手術的三間醫院之一。該治療的對象為經甄選的運動失調症患者，能改善患者生活水平。最近廿年，可供選擇抗腦癇症藥物增加，有助改善腦癇症的控制和藥物副作用。瑪麗醫院近年成立由腦內科和腦外科聯合的「合併腦癇症診療所」，加上在腦影像學的進展，有助改善腦癇症手術治療。
在視覺脊髓神經炎方面，港大研究的細胞螢光測試，提升了驗查水分通道抗體的敏感度；而磁力共振掃描研究亦發現，視覺脊髓神經炎患者的腦幹是常受影響的位置，有助及早診斷和治療。在多發性硬化症方面，港大正參與國際性口服新藥物的臨床研究，以助了解新藥安全性。
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