除政府資助及學費收入外，直資學校還有一系列「掠水」方法。審計報告揭示，部分直資學校把未經認可的開支計入政府經費中，如四百多萬稅款、員工周年晚宴開支等，更有學校違規投資股票及基金涉款達七千萬元，亦有學校動用一千萬元非政府資金買了三個物業，並以信託安排方式持有。
直資學校須於下一學年的三月底前向教育局提交經審核的周年帳目。審計署發現，截至今年六月底分別有卅間和廿八間學校延遲提交○七年度及○八年度的帳目；部分學校更把未經認可的開支計入政府經費中，如一筆四萬二千元用於租用土地興建犬舍的費用、一筆八千四百元用於三名教師交流訪問的交通費等等。
根據教育局指引，學校可把毋須即時動用的剩餘款項存入銀行，作定期或儲蓄存款，當局不建議學校把款項用作任何其他投機性投資，但審計署發現，有學校在截至今年二月，持有二千八百萬元香港股票及四千三百萬元投資基金，沒有紀錄顯示該校曾評估所涉風險，以及在投資前取得校董會批准，審計署建議教育局應確保學校遵從指引。
教育局亦規定，學校在售賣習作簿、校服、文具等所得的利潤，不得超過向供應商購貨成本的百分之十五，但審計署發現，有學校從出售貨品的利潤達百分之廿至一倍半；有學校與小食部及飯盒營辦商簽訂合約，營辦商在○七至二○一一學年，每年須向學校捐款五萬二千元；有學校更把校舍借予教會舉辦活動，七年來獲教會捐贈五百萬元。
政府消息人士透露，位於將軍澳的香港華人基督教聯會真道書院涉及多項行政混亂問題，包括涉於○六至○九年期間，動用一千萬元非政府資金購置了三項物業，全部均以信託安排方式持有。該校又在沒有進行公開招聘的程序下，聘用多名新員工。本報記者曾致電真道書院校長丘日謙查詢，但至截稿前未獲回覆。
直資名校拔萃男書院校長張灼祥指出，學校有多項工程在進行，根本無錢剩，亦不會拿學校款項去投資；聖保羅男女中學校方設有信託基金，當中有巨額款項作投資，該校發言人表示信託基金與學校學費收入的戶口分開，信託基金款項主要來自捐款。