這一波的流感各地都不敢掉以輕心，中研院推估台灣恐有七千人會因感染而死亡。前疾管局長蘇益仁認為，死亡人數約在五千到一萬人之間，若防疫措施沒做好，死亡人數將更多，且此次新流感大多數死亡的將會是青壯年，衝擊重大。

據估計，開學後的疫情會明顯增加，十月、十一月會達到高峰，而今年冬天的縣市長選舉，在選舉造勢的場合，民眾大量聚集，可能會加快傳播速度，因之有疫情專家建議應視疫情考慮選舉暫緩，此乃繼「八八」風災後又一次提出年底選舉應延選的呼聲。

由於莫拉克颱風過後災情嚴重，災民棲身及衞生都成問題。目前在災區飄着一陣陣腐爛及屍臭味，空氣傳染令人擔憂，且前往救災的軍隊已傳出爆發流感。隨着「八八」風災進入重建階段，新流感疫情可能進入高峰期，政府面臨兩邊作戰的艱困局面。

此外，蘇澳海軍一六八艦隊兩百位官兵爆發群聚感染，該艦為主力巡防艦，可能影響巡弋海疆。流感已造成廣泛層面受到影響，到了風聲鶴唳的地步。

對於流感爆發群眾感染的可能性相當高，民間希望馬政府啟動國安機制，及早儲備特敏福等藥物防疫物資。然一向注重節制權力的馬政府認為尚未到舉行國安會議的程序，總統府憂慮提早啟動國安機制，將防疫動作拉高到國安層次，會造成民眾恐慌，相關決策必須十分慎重。

對此不能等閒視之，現新流感疫苗全球缺貨，採購困難，大家只有注意健康，自求多福！