公共運輸交匯處的空氣質素一向為人詬病，本報去年量度多個交匯處的空氣污染物水平，發現藍田站和海怡半島站內的二氧化氮（NO2）濃度，分別為每立方米二百一十三微克及一百七十一微克，比世衞年均標準四十微克高出至少三倍。此外，海怡半島站的微細懸浮粒子（PM2.5）濃度同樣超標，達四十微克，為世衞標準十微克的四倍。關注團體直指，問題應由修例及加強執法着手。
環保署九八年推出《半封閉式公共交通交匯處的空氣污染管制》指引，就半封閉式公共交通交匯處的空氣質素、所需設計及通風系統的操作和維修等方面提供指引，而二氧化氮的一小時平均值上限是每立方米三百微克。去年立法會通過，將有關指引中二氧化氮濃度上限下降至每立方米二百微克。
健康空氣行動行政總裁馮建瑋指出，有關指引是「無牙老虎」，並無法律效力，治標不治本，長遠應從污染源頭着手。馮認為，短期須加大力度試行和推動電動巴士，「環保署一一年成立『綠色運輸試驗基金』，但依家仲未見到一條巴士線全面採用電動車，反觀深圳已經有萬幾架電動巴士，幾乎完成全電動化。」馮又指，長遠需要修改法例，加強《空氣污染管制條例》的執法。