內地主導口岸布局 廁位牆厚樣樣改
廣深港高鐵的一地兩檢安排再度引起爭議，有媒體聲稱取得一份於二○一六年七月修訂的西九總站設計圖則文件，顯示內地在出入境設施的設計上高度參與，連「衞生間」布局、房間牆壁厚度等修改亦有訂明。提供圖則的消息人士透露，有關圖則是港鐵工程承建商交予內地相關部門的版本，文件亦曾交予內地鐵路部門審議，港鐵再根據要求修改，相關工程於去年九月已動工，一切安排早有定案。
香港傳真社指，取得高鐵西九總站一份名為「廣深港高鐵內地口岸區布局方案」的設計文件，圖則雖沒有顯示接收方，但整份文件採用簡體字，並用上「人工通道」、「衞生間」及「邊檢洗漱間」等內地用語。文件又把Mainland Customs,Immigration and Quarantine稱為「內地口岸區」（簡稱MCIQ），並詳列布局設計。
預留多個房間予內地部門
其中地下二層（B2）的「內地出境」及地下三層（B3）的「內地入境」區域，有仔細隔格分布，兩層均有「CCTV設備間」，並列明「內地方自建」、「由內地方建造」等。
大堂內各有三十條「電子通道」與十八條「人工通道」，供旅客通關；辦公室區域則預留多間房間予內地海關、國檢、邊檢及口岸辦等部門，部分房間標明用途，例如「國檢藥品器械存儲室」等。
圖則下方備註欄中，寫有「內地方於2016年6月7日工作會議中已作出確認」，顯示中港雙方曾就設計細節商討，另外亦有「衞生間內的布局已根據內地方意見修改及達成共識」等字句，顯示內地有關部門一直知悉「內地口岸區」的設計，並提出修改意見。
港方已取得「中國海關」標誌
傳真社同時獲得文件，顯示港方已取得「中國檢驗檢疫」及「中國海關」官方標誌。
運輸及房屋局發言人回應時重申，在西九總站實施一地兩檢是兩地政府共同目標，要實施一地兩檢，必須在總站建設「內地口岸區」，兩地一直有就「內地口岸區」的設計保持溝通，而建造工程亦正繼續進行，其面積與香港口岸區相若，截至去年十二月底，混凝土間隔牆已完成近九成，飾面工程、地磚及地台工程已在去年第四季分階段展開。發言人稱，高鐵香港段的清關、出入境及檢疫安排，牽涉複雜的憲制、法律和運作問題，政府仍與內地相關部委進行研究和商討。
港鐵發言人則指，已按政府要求在西九總站的設計預留位置作一地兩檢等用途，亦已透過政府收到內地口岸區相關資料，以擬備設計圖則。發言人又指，有關工程進度，去年曾向立法會報告，港鐵亦會積極配合政府的安排。