江澤民主政將近十六年間，法輪功的興起及蔓延可以說最令他始料不及。
上世紀八十年代改革開放後，氣功、特異功能等在全國興起，郭林氣功、嚴新氣功、中功、香功等吸引大批民眾學習，許多氣功師也因而成為名人。吉林人李洪志九二年五月起在各地講法輪功，並在北京創辦法輪大法研究會，翌年成為中國氣功研究會分會。法輪功自此在內地大受歡迎，吸引各階層人士包括一些高官修煉。
於一九九八年五月，北京電視台一節目，就氣功問題訪問何作庥等專家學者，其內容引發法輪功學員不滿，圍攻北京電視台，人數最多時有上千人，在壓力下，電視台將採訪的記者開除。
一九九九年四月十一日，天津教育學院《青少年博覽》雜誌刊登了何作庥一篇名為《我不贊成青少年練氣功》的文章，裏面有關法輪功的內容引起法輪功學員強烈不滿，法輪功事件由此引發。
同年四月廿五日，萬名法輪功學員包圍中南海，如此強大的動員力量令中央大為震驚，亦促使中央下決心取締法輪功。
同年七月二十日，中國政府宣稱法輪功危害國家安全和社會安定，並將其定性為邪教，將法輪大法研究會定性為非法組織，展開全面取締。不過，其領導人李洪志九八年已攜同妻女赴美國，並取得美國永久居民身份。
法輪功和中國政府從此展開長期的對抗，法輪功聲稱受到中國政府的迫害，並在海外辦報紙、電視台及網站，更多次干擾中國的衞星訊號。
法輪功和中國政府之間最引人注目的糾葛，是二○○一年春節發生在北京天安門廣場的自焚事件，美國CNN電視台在現場拍攝到有關畫面。
該宗事件共造成兩人死亡，中國當局聲稱是法輪功組織及策劃自焚行動，法輪功則指事件由中國官方自導自演。