南丫海難震驚社會，三十九人死亡，究竟慘劇教訓何在，公眾期望政府深入調查，向社會全面交代，對失職官員予以嚴肅懲處，除採取應有的紀律行動以外，實有需要對情節嚴重者展開刑事調查，以正視聽。
經過十個月的運作，海難調查已經完成，政府拒絕公開合共四百三十頁的報告，僅向遇難者家屬交出一份只有三十頁的摘要，被批評為交了白卷，教人不能接受；代表家屬的律師直言政府最低限度應公開涉及不當行為的十七名海事處人員中，涉及的具體事實及人數，要求合理。
雖然報告未有全面公開，但去年五月由高院上訴庭法官倫明高主持的調查委員會曾發表長達逾二百三十頁的詳細報告，狠批海事處內部管理混亂不堪，審批驗船過程粗疏，針對肇事的南丫四號，無論在設計、建造，以至檢驗過程，幾乎「每個階段都接二連三有很多不同的人犯錯」。報告間接反映出海事處存在不為外界所知的結構性問題，而且為時已有一段非常長的時期。
海事處有五個政策科，表面看主要是船舶事務科的官員失職，但其實整個部門的內部管理存在「因循守舊，得過且過」的文化，才是問題的根源所在。政府調查報告指出，這種教人擔憂的文化，在「海事處管理層中頗為普遍，以致在執行監管時重重出錯」。海事處必須進行全面改革，自上而下加以徹底整頓，逐步建立新的管理文化，否則未來仍然有可能對公眾利益帶來嚴重的危害。