環保署每年均會發布《香港河溪水質》報告，在去年公布的二○○八年報告中，上水梧桐河「榮登」最差河溪水質榜首，被評為「惡劣」。今年發表的報告，雖顯示梧桐河水質已有改善，達到「普通」等級，但在下游位置的大腸桿菌含量，仍超出標準七十五倍。
去年報告顯示，梧桐河最嚴重的河段，大腸桿菌含菌量是每一百毫升水超過二十一萬個，較每一百毫升一千個的標準，超出二百一十倍，非常嚴重。據環保署標準，每一百毫升水含少於一百八十個大腸桿菌便適合游泳；若每一百毫升水含大腸桿菌數量超過六百一十個，即代表每一千名泳客中，會有超過十五人出現腸胃或皮膚感染。
今年的水質報告，雖顯示梧桐河水質有所改善，但在下游與深圳河接壤部分，仍錄得每一百毫升水含七萬五千個大腸桿菌數量，超標七十五倍。上游位處平原河與梧桐河交界，則錄得一百毫升水含一千四百個大腸桿菌數量；中游近奕翠園部分，則錄得一百毫升水含一千九百個大腸桿菌數量，同樣超出標準範圍。而今年最差的河溪則是元朗河，由普通下降為惡劣。
環保署發言人解釋，梧桐河下游受到深圳河河水倒流所污染，而中、上游水質則可能受到尚未接駁污水渠的鄉村影響。渠務署發言人指出，梧桐河主要收集附近地區及其上游河道、溪流及雨水渠所排放的雨水，經奕翠園側的排水口流出再排出大海。