蓮塘新口岸毀林地獲補償
蓮塘／香園圍新口岸工程將於二○一三年上馬，料於二○一八年完工，不過，七點六公頃風水林及濕地將受工程破壞損毀；另外幾種受保護的原生植物，如身價不菲的土沉香生態環境會受牽連。當局承諾會補種林地，並盡量移植年幼健康的土沉香。
蓮塘／香園圍新口岸工程及相關的深圳河第四期治理工程已完成環境評估報告，負責工程的土木工程署及渠務署正向環保署申請批准。土木工程署委託公司進行生態影響評估，因口岸工程興建隧道入口及連接道路，約六點二公頃林地及一點四公頃濕地會永久消失或減損。當局承諾工程項目將提供十八點六公頃補償林地，及另闢面積不少於一點四公頃彌償濕地作為緩解。
環團質疑政府低估車流
環評報告又指，擬建施工範圍記錄到四種具保育價植的原生植物品種，包括常見於風水林、俗稱土沉香的牙香樹。土沉香因為可用作製作香料及藥材，身價不菲，甚至常遭非法砍伐。至於其餘三個品種包括長葉衞矛、香港大沙葉及金毛狗，這些品種都受《林區及郊區條例》等保護，禁止擅自毀壞。報告指土沉香及長葉衞矛受工程影響最為顯著，建議必須盡量移植健康及年幼的牙香樹，並把這品種納入林地補償計劃，此外要將受影響的長葉衞矛灌木移植。
蓮塘口岸落成後車輛流量勢必增加，造成空氣污染，報告估計口岸運作期間，每年平均可吸入懸浮粒子濃度將達每立方米五十五微克，緊貼環保署空氣質素標準的法定上限；二氧化氮每年平均濃度為每立方米七十二微克，接近八十微克上限，但報告卻認為污染指數未超標，道路交通不會對空氣質素造成不良影響。
報告又指，在坪洋及禾徑山之間發現屬於晚清的文化層，建議施工前再進行考古調查，亦建議在蓮麻坑及邊境禁區一帶額外探測有無文物。
香港地球之友總幹事劉祉鋒認為，政府進行基建工程期間，如影響珍貴植物的生態環境，必須盡量先移植，避免不必要砍伐。他質疑政府刻意保守估計口岸車流量，以換取環評過關，擔心若日後車流量高於預算，會令該區空氣嚴重污染。他又指現時空氣質素指標過於寬鬆，建議港府與內地加強合作，收緊過境車輛的排污規格。
