六日傍晚，日本外相岡田克也召見中國駐日大使程永華，就中國海洋調查船跟蹤日本海上保安廳測量船提出強烈抗議，他指中國海洋調查船的行為，侵犯了日本的主權，致使日方的測量船一度中止海底調查工作。中國大使程永華則稱，中國海洋調查船的行為完全正當合法。
日方認為，日本保安廳測量船是在東海「日中中間線」的日本一側工作，他們將「中間線」視為日本和中國在東海專屬經濟海域的分界線。但是，中國並不承認日方提出的中間線，而是認為應按大陸架原則劃分，中國的經濟海域延伸至沖繩海溝。
一向以來，都是日本的軍艦跟蹤中國的測量船，這回倒是中國跟蹤日本測量船，實在令香港的中國人刮目相看。三禪認為，這跟不久前中國的十艘軍艦通過宮古海峽的意義一樣，表明中國的東海策略有一個大轉變，那就是從過去的韜光養晦，忍讓迴避，轉為針鋒相對，寸土必爭。毫無疑問，這與中國的海軍力量和國家綜合實力不斷增強不無關係，如果北京的水面艦隊還遠遠落後於日本，還只是幾艘潛艇偷偷游弋，那想硬也硬不起來。
值得一提的還有，事發之時，正是中日兩國就東海油氣田共同開發問題，舉行了司局長級磋商翌日。日方消息透露，日方在磋商中強烈要求早日就共同開發展開條約談判，以便早日落實日方參與中國已開發的春曉油田。三禪認為，北京在此時跟蹤日方的測量船，顯然是表明不會接受日方所謂的「中間線」，也不會再輕易讓步。