香港回歸後，管治架構的最大變化，是實施了「高官問責制」。這個問責制在二○○二年，即回歸五年、董建華政府幹滿一屆之後推出。問責制推出的背景有三：一是董建華乃「空降特首」、光桿司令，對港英政府全盤過渡到特區政府的公務員體系指揮不動，且被公務員之首的時任政務司司長陳方安生架空，這就不但牽扯到特首權力、人事權力問題，而且牽涉到「愛國商人」的特首和「港英舊臣」的政府高官，在治港理念方面明爭暗鬥，衍生出影響「港人治港」的政治問題。
問題複雜而嚴重，鬥爭愈演愈烈，董建華多次向北京反映難處。那時北京為了穩定剛剛回歸後的大局，以「徐圖之」告慰董建華。北京要解決這個問題，當然不能僅僅從特首和公務員體系的權力關係、人事關係來考慮，而是要從有利於「港人治港」來考慮，從有利於在「一國兩制」框架下管治香港來考慮，這就涉及到如何從社會上吸納人才的問題，此乃推出「高官問責制」背景之二。
背景之三是，當年特區政府在管治上、在各項工作上都出現了不少問題，牽扯到一些公務員高官的責任，要求官員問責的呼聲和壓力很大，成為民意主流。在上述背景下，連任第二屆特首的董建華推出了問責制，從社會上挑選了一批和他「理念相同」的「精英」組成問責班子。
董是有誠心要高官問責的，因此在他任內有高官因操守或工作不濟「問責」下台。到了曾蔭權手裏問責制被擴大也開始變味，問責高官多數從他的昔日袍澤中「出入旋轉門」，吸納社會精英的原意盡失，成了曾蔭權組建「曾家軍」、培養接班人、在中央面前「擁兵自重」的政治武器庫。因此順理成章的是，這些官員只要對他效忠就行，不必對工作問責，再差勁也可好官我自為之。