仁是儒家的思想核心，其本質含義是指「愛人」。儒家認為，每個人都會自發地對親人存有愛心，若將這種愛心從血緣關係向外擴展，就能達到人人友愛，社會和睦。中醫的目的是令他人脫離疾苦，自然也是「仁」的表現。古語有云：「醫乃仁術」。 晉代哲學家亦在《物理論》中提到︰「夫醫者，非仁愛之士不可托也。」說明仁愛之心是醫者必須具備的品格。

儒家思想亦非常重視禮制，講究君上臣下，尊卑有序。而《黃帝內經》就將儒家的禮制官儀分諸臟腑。如心稱為「君主之官」，肺為「相傅之官」，肝為「將軍之官」等。這些分封是以生理功能為基礎，並以類比顯示出禮制的含義。以心為君主之官為例，便是與心主神明的理論有關。而在方劑配伍理論中，亦使用君臣佐使的方法，即君藥為方中主藥，臣藥為輔藥，而佐使則為其他配合藥。這種注重井然有序，相互配合的思想，對需要方義清晰，藥物協同的方劑來講非常重要。

另外，中庸亦是儒家的重要概念。中庸含義，在於不偏不倚，以中和作為常態。孔子曾說「過猶不及」，說明太過或者不及都是違反常態的表現。而中醫的一些治病理念，如「寒者熱之」、「熱者寒之」 等法則，就是以平衡人體於常態為前提，與儒家的中庸思想可謂不謀而合。

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