台美關係近因進口美國牛肉風波而受震盪，馬政府面臨內政外交雙重衝擊。較早時馬政府與美國簽訂《台美議定書》進口美國牛肉，但在立法院擁有四分之三優勢的國民黨立委並沒有為馬英九護航，而與民進黨聯合，達成美牛肉進口修訂法案，明文禁止牛絞肉、內臟等六部位進口。由於該法案違反︽台美議定書︾的協議，馬政府立刻召開高層緊急會議應對。
馬政府落得須向美方道歉認錯，說明困難所在，擔心美國對台報復，包括延遲台赴美的免簽證、停止對台軍售，以及拖延︽台美自由貿易協定︾簽訂，讓台灣民眾感覺不吃美國牛肉就採取報復行為的美霸權主義作風，也讓台灣民眾更難體諒政府面臨的困局。
為何藍軍群起反美牛肉進口，是因事先疏於溝通，令黨籍立委不肯為政策護航。後雖政府官員屢上火線補破網，但立院執政黨團反美牛肉的意志不為所動，失控的黨團讓馬政府禍起蕭牆。
其實，立法委員有來自選民的壓力，美國的瘋牛症大家記憶猶新，牛的腦及內臟等部位正是傳染的渠道，雖然美國信誓旦旦稱沒問題，為了健康計，大家還是認為不能跟着政府的政策而棄置，立委因之不能隨政府的指揮棒起舞。
作為立委有小我與大我之責，必須對黨團負責，亦應對選民及自己的選票前途負責。政治不外乎人情事理與利益之交換，當小我與大我之評估都不值得去支持政府令人憂心的政策，則只有違背黨意忤逆政府的政策。
在這一場美牛的風暴中，由於事前溝通協調不足造成朝野的反調，對馬政府來說乃是內外雙輸，對內有領導危機，馬英九兼黨主席要親自指揮黨團卻未能現效果，在外對美失信，擔心美國報復衝擊了台美關係。