戰亂時期保自身安全
一九三一年九一八事變之後，中日關係惡化，為了自身安全和養家活口，一九三六年，吳清源加入日本國籍，改名「吳泉」，一九四○年又改名「吳清泉」。日本侵華戰爭期間，他曾被指是漢奸，甚至有人貼懸賞告示。
日本戰敗後的一九四六年，一些旅日華僑強迫吳清源放棄日本國籍，但是卻遭到許多日本人的誤會和指摘。在日本三年無國籍後，一九四九年，吳清源獲准恢復中華民國籍。一九七○年代末，吳清源因為自己的國籍影響子女的婚姻、就業，再次申請加入日本國籍，一九七九年申請獲准，當時也一度遭到兩岸民眾批評。一九八四年，他宣布從棋壇正式引退。