伊朗大選選舉結果需要三天時間進行核證，哈梅內伊在相關程序完成前急不及待祝賀內賈德，非但予人偏袒之感，更令那些深信穆薩維勝選的民眾忿忿不平，各大城市均有民眾上街示威抗議選舉結果。史丹福大學伊朗問題專家米拉尼稱，哈梅內伊突然改口，承認選舉有可能發生舞弊事件，可謂一次重大的退讓。

各界普遍相信，掌控軍方、司法機關和伊朗所有公眾廣播媒體的哈梅內伊仍大權在握，但他突然改口的反常舉動，對伊朗最高領袖的絕對權威，構成一定程度的打擊。《在德黑蘭讀羅莉塔》作者、伊朗女作家納菲西表示，哈梅內伊素來一言九鼎，所有人都不敢提出異議，她相信伊朗領袖擁有無上權威的神話已告破滅。

哈梅內伊下令憲法監護委員會調查今次選舉結果，不無以退為進的用心，為期十天的調查就好比給予憤怒民眾十天冷靜期，令他們逐漸接受內賈德勝選的結果。

回教政權體制受損

憲法監護委員會的調查結果相信不會給予外界太大驚喜，首先，委員會主席詹納提是哈梅內伊的鐵桿盟友，而該委員會一半成員由哈梅內伊親自任命，另一半則由司法機關之首任命，委員會與哈梅內伊唱反調的機會似乎是微乎其微。

美國紐約大學一名專家指出，雖然哈梅內伊是一位弱勢領袖，但他善於招攬結盟、在各大勢力之間周旋，在派系林立的伊朗，哈梅內伊似乎是最具權勢的人物。伊朗的派系衝突從未像過去數天那樣明顯和公開，亦難怪哈梅內伊進退失據。

就在大選前夕，協助哈梅內伊登上最高領袖寶座的前總統拉夫桑賈尼，就警告任何選舉舞弊事件都會惹來強烈的反撲，若哈梅內伊鼓勵軍方漠視民意、將昔日伊朗革命的功臣摧毀，他將會自討苦吃。在官方點票結果公布後，穆薩維更公然挑戰哈梅內伊在伊朗回教什葉派的地位，公開去信伊朗聖城庫姆的回教教士就選舉結果提出異議，暗示最高領袖哈梅內伊的說話「未夠斤両」。

對哈梅內伊來說，無論是任由示威活動持續下去，抑或是使用武力鎮壓民眾，似乎無可避免對伊朗回教政權體制構成損害。他的每一步棋都可謂舉步維艱。