今後，「港區國安法」如何在香港執法至為關鍵，這個問題解決不好，此法將成為一紙空文。中央顯然已經考慮到了這一點，因此決定國家安全機構進駐香港履行相關職責，而要履行職責，當然就要「有職有權」，否則還是空話。
這項權力可分兩大部分，一是有權責成香港司法機構代行中央駐港國安機構部分權力；二是中央駐港國安機構自行行使這方面的權力，並與國家司法系統相連接，相關案件的處理從抓捕到檢控、到判刑可由內地司法辦理，對所有案件要按內地實行的「成文法」辦理。在處理涉及國家安全的案件上，不能是香港「普通法」、內地「成文法」兩張皮，這將造成司法混亂，非「法治」之道，也將大大削弱「港區國安法」的「法威」，令香江府衙、司法領域內的反中亂港保護傘有空子可鑽。
至於香港司法機構如何在這類案件中運用「成文法」，可以考慮「法律移植」的方法。這個方法在國際司法領域不同的法系之間多有討論和成功實踐。如果「法律移植」不成，那就把所有案件全部交由內地司法機構辦理。須知道，只要是關乎國家主權和安全就不存在甚麼「香港司法獨立」的問題，只存在「共同維護」的問題。
現在來看，「港區國安法」的執法若將部分工作交由香港辦理，警隊問題不大。自從警隊一哥換人和內部整頓後，警隊士氣大振，確立了正確方向，相信他們也能積極有力的執行「港區國安法」。比較麻煩、阻力重重、會消極對抗、陽奉陰違的，是港府律政司和法院系統中的某些掌權人物，他們早有充當反對派和暴亂之中危害國家安全之人保護傘的歷史和劣迹。這些人的問題不解決，保護傘的問題不解決，「港區國安法」的執行就會落空，還會「警察拉人，司法放人」。
因此，在可以預見的一段時間內，「港區國安法」的駐港機構除了可以授予警隊相關權力之外，檢控以及審判這兩大部分，還須由國家司法機關辦理也。