除單純性肥胖和家族性肥胖外，兒童肥胖的成因亦分為綜合症狀和內分泌原因。有機會導致肥胖症的綜合症狀並不常見，包括普瑞德威利症候群、巴比二氏症候群和肥胖性生殖無能綜合症。患普瑞德威利症候群的嬰兒出生時皮膚較為蒼白，一歲前會有吸吮能力困難、肌肉低張力的現象，所以此症嬰兒通常較瘦弱。但兩歲後兒童的肌肉低張力稍為改善，拚命吃、缺乏飽足感及情緒不穩等典型的症狀便會開始呈現。此症病童擁有正常的語言能力，但智能通常較一般人低。
巴比二氏症候群屬遺傳性疾病，但此症有高度異質性，同一家族患者臨床表現也會不同。患者出生後除了肥胖，還會有多指、腎臟畸形、性腺發育不全、學習困難及視網膜萎縮等問題。患者視力會隨年齡而退化，大部分到20歲時已經完全失明。
而肥胖性生殖無能綜合症是由丘腦病變引致的一種疾病，大部分患者年齡都在20歲以下，屬中等肥胖程度及有性發育障礙的病徵，患者多半是男性。男性患者的胸部、下腹、腰部及外生殖器明顯呈女性型，面部、四肢、手指及腳趾相對幼細和缺乏男性體毛。女性患者則生殖器發育不良，無月經來潮。成年女患者性功能比較差，喪失生殖能力。男女患者雖然會出現尿崩症、嗜睡、懶惰等病徵，但智能大多與正常人無異。
香港大學李嘉誠醫學院 兒童及青少年科學系臨床副教授 葉柏強醫生