特區政府將「五區公投」的一億五千萬元經費納入財政預算案，引來部分建制派議員的不滿，更有議員提出剔除五區公投經費的修正案，但遭到否決。不過坊間傳言說，此為建制派的第一步，他們一早預料修正案會被否決，下一步將會是對特區政府提出司法覆核，質疑政府對公投撥款有違《基本法》。
有法律學者說，中國的憲法內並沒有設定「公投」制度，香港實行「一國兩制」，而《基本法》乃國家憲法賦予地位和權力的小憲法，所以立法會通過財政預算案對公投的撥款，即承認公投在香港的合法性，等於將《基本法》凌駕於國家憲法及人民代表大會之上，等於叫建制派一同違憲；然而，因為《基本法》也沒有提及公投，以香港普通法的原則去處理有關司法覆核，屆時都只會敗訴。
司法覆核敗訴機會大，但這有可能屬於建制派的部署。由於法院的判決有可能跟中央政府較早前的嚴正聲明相左，事件不僅牽涉到《基本法》的權威性，更有可能動搖中央政府的威信。有人說，司法覆核的結果將會是考驗中央政府對公投的忍耐性，如果中央政府不出來表態，就只會淪為一隻紙老虎任由反對派宰割。
有人相信，事態最終將發展至人大釋法。昔日建制派迫令特區政府表態定性公投的不合憲，惟特區政府知而不行，不僅沒有直斥搞公投者的立心不良，甚至允許對公投撥款、默許有心人繼續以公投來胡鬧。如果最後是釋法收場，沒有歸邊的特區政府，屆時又可以往哪處站？