被輿論屢次點名該下台的國防部長陳肇敏乃綠朝人馬，他上任時曾引起藍營的反彈，但馬英九力挺到底。直到軍中傳出買官案，觸及到馬英九最不能忍受的清廉價值，憤而要求國防部調查，陳肇敏提出的肅貪報告卻極盡隱晦敷衍之能事；而「八八」水災，應該第一時間全力投入救災的軍隊卻動員緩慢，遭到全民一致抨擊。所謂「養兵千日，用在一時」，民眾質疑軍隊難道只是坐等開戰，而不顧搶救百姓身家性命？

又如許惠祐被邀回鍋擔任國安局歐盟特派員，他原為海基會秘書長，阿扁當政後重用為國安局長。馬英九上任後，許惠祐又被留任為國安局長，不久自動辭職，由許惠祐提拔之人接任局長。許惠祐可謂仕途長紅，先受李登輝、後受陳水扁重用，直至今日的馬英九都要重金禮聘，擔任這官場上爭破頭的「位高、權重、事少、錢多」的工作。

許惠祐與馬英九於陸委會曾共事過，知之甚深，愛之提拔之，但社會觀感太差，馬英九重用綠朝高層也是統治藝術，只是讓許多人難以服氣。

馬英九因花蓮縣的縣長人選無着落，拉葉金川到花蓮選縣長，於流感仍嚴峻之時，衞生署長卻去競選，讓人質疑其職責忠誠度，且葉金川一句「衞生署長原本就不在生涯規劃中」，更惹外界反感，難道當初是馬英九的錯愛，讓他屈就衞生署長一職？

馬英九目前正陷於政治泥石流中，九月內閣改組將考驗他的用人哲學。