監察部防腐局併入國家監委會

方案提出取消國家衞生和計劃生育委員會。

方案提出取消國家衞生和計劃生育委員會，不設立國務院深化醫藥衞生體制改革領導小組辦公室，改為組建國家衞生健康委員會；取消國土資源部、國家海洋局、國家測繪地理信息局，重新組建成自然資源部。方案提出不再保留國家安全生產監督管理總局，與公安、民政等多部門職責整合，組建應急管理部；又建議成立退役軍人事務部，負責退役軍人的思想政治和管理保障等工作。

• 食品藥品監督管理總局亦不再保留。

公安部掌移民管理局

國務院直屬機構方面，方案提出組建國家市場監督管理總局，不再保留工商行政管理總局、質量監督檢驗檢疫總局、食品藥品監督管理總局；又取消新聞出版廣電總局，組建國家廣播電視總局。方案還建議，組建國家移民管理局，歸公安部管理。