一地兩檢對碰，反對派堅決反對，政府全力出擊，許勝不許敗。立法會雖受到拉布拖延，最終還是通過議案，算是過了首關。政府迅速與內地簽署《合作安排》，要追回失去的時間，務求人大常委會十二月之內順利批准一地兩檢方案，授權特區做好相關安排。
《合作安排》的內容要能應對未來通關過程中可能出現的問題，包括在高鐵香港段之內，車上出現的突發性事故，特區政府與「內地口岸區」的有效溝通協調及應急機制，要做到不留缺漏。某程度講，人大常委會必須把好關，因為一旦全面公布《合作安排》，巨細無遺的內容將面對輿論的放大鏡及顯微鏡所帶來的挑剔。
值得注意的是，一地兩檢還有一個法理基礎是否穩固的問題。特區政府今年七月公布方案時援引《基本法》第二十條作為支撐點。有論者質疑是否在法理上站得住腳，更有人指出不少內地「護法級」專家也不認同以第二十條來應對一地兩檢。在高鐵總站設立內地口岸區涉及中央與特區的關係，特區必須與中央磋商研擬，不宜單方面自己決定，這屬基本常識。李飛與大律師公會代表團會面，以及訪港期間，沒有直接回應第二十條的問題，只是政治上的考慮而已。
人大常委會代表國家最高權力機關，未經其審議前不宜有前設限制，在現階段高調論及第二十條，容易挑起爭拗，不利「三步走」完成，節外生枝並非好事。