為一地兩檢完成全部立法程序，特區政府做了大量準備工作，考慮各種方案，最終建議在高鐵西九總站劃出四分之一的面積作為內地口岸區，以租賃方式交由內地管轄。政府認為以《基本法》第二十條及第七條為依據，有關方案具有堅實的法律基礎，不會受到挑戰。
中央全力支持特區政府興建高鐵，有利加強中港兩地的經濟與社會聯繫，可帶來雙贏。按照《基本法》第二十條，中央可授權香港落實一地兩檢，全國人大作為國家的最高立法機關，其權威性難以撼動，特區政府有信心具有足夠的法理基礎落實一地兩檢。不過，正如政界及法律界所言，即使本港法院不會挑戰全國人大的法律地位，特區政府面對的政治挑戰仍然不易應對。始終內地執法人員在本港高鐵站內按內地法律處理港人過境，市民是否放心，涉及的往往是信心問題，不全是法律問題，而且後者更涉及頗為複雜難明的專業性法律安排，公眾不易明白。
政府有充分心理準備打一場硬仗甚至是持久仗，以應對反對派的各種政治操作手段，重點放在爭取公眾經過理性討論，肯定高鐵在經濟民生方面的價值，而支持以一地兩檢方式處理跨境檢查的問題。
政府以「三步走」循序漸進，並留有調整空間，對反對派實行後發制人。先讓對手發炮及狠批一地兩檢，再按不同的攻擊見招拆招，然後再作整體回應，尤其針對一些政治炒作作出有力的反駁，以爭取民意。