學生佔領立法院之後，又欲拓闊版圖，試圖佔領行政院，馬政府終於出手，短時間內清場，行院只短暫淪陷。
清場雖有人流血，但警察、學生都表現克制，場面未至於非理性；事件說明，馬政府的公權力仍有能力掌控大局，容忍立院繼續被佔，不過對克制的學生採取較克制的手段。
行院被佔，有人認為是學生聲東擊西的陰謀成功，故意公開說欲進佔總統府或總統官邸，誤導警力分配，矛頭卻對準行院。但民間有人質疑，立院已經被佔，鄰近的行院警備也不至於鬆弛至此吧？於是乎便有陰謀論，行院沒加強戒備，是要給予激進學生機會，誘使學生佔領，讓學生鹵莽行動，如此一來，馬政府便有藉口抹黑學運，才有理由名正言順地出手。
立院被佔逾一周，學生訴求原本是服貿協議逐項審查，馬政府已應允，但學生又加大訴求至設訂監督機制，除了表示學生得寸進尺，迫使馬政府難以擺平，也讓事件僵持下去。
從馬政府的立場看，事件真的無法擺平嗎？換做別的領導人，面對學生的反政府運動，要麼不動手，已動手為何又點到即止？佔領行院可以理性地清場，優勢警力難道清不了立院的場嗎？看來馬政府對現時的學生運動，不獨能容忍，甚至乎是容許。於是乎又有一個陰謀論，馬政府似乎不怕學生運動持續一些日子。
馬接連幾天不回應，但學生居然可以對事不對人，從沒喊過馬英九下台；相對馬政府也不強令學生運動草草收場。面對兩岸服貿，朝野各有訴求，又相互克制，於是乎又有陰謀中的陰謀，台灣朝野正合演一場民主騷，讓彼岸看看甚麼叫民主社會。