平機會歷屆主席位位是非不絕，除了鄧爾邦外，首任主席張妙清亦被指濫用公帑，第三任主席王見秋更接受富商共廿八萬元頭等機票，又申領十七萬元旅遊津貼而遭廉政公署調查，而其餘主席亦被指用人唯親或身份存角色衝突等問題。
九六年平機會成立，首任主席張妙清於九七年上京交流時，入住五星級酒店的大使套房，浪費公帑。接任人胡紅玉，上任不久，又被控「六宗罪」，包括用人唯親，以內部推薦形式，大幅增加職位，又排除異己，解僱逾十位僱員，部分更加興起訴訟等等，做法令人質疑。
至第三任主席王見秋，雖為退休法官，卻接受富商共廿八萬元頭等機票，與家人外出免費旅行，又沒有按規定上報及申請。同時，他又向司法機構申領十七萬元旅遊津貼，因而遭廉政公署介入調查，並辭去平機會主席一職。
及後朱楊珀瑜接任，又因為其前社會福利署副署長的身份，令平機會被質疑淪為高官俱樂部，後來朱楊珀瑜更不獲續約。
其後鄧爾邦接任，其多次以公帑「食好住好」的做法，更令平機會被審計署批評「大花筒」。接着又由前特首辦主任林煥光上任，再次令人質疑平機會淪為退休高官俱樂部。