明年台灣大選，馬英九選了吳敦義做副手，乃看重其優勢與自己有互補效用，尤其是吳敦義口才便給，順手拈來就是玫瑰與刺之比喻，或是天邊彩霞與腳下玫瑰，甚至是整日灌溉幽蘭卻讓薔薇枯萎，總離不開花前月下，成了台灣政壇的特色。
就在選情緊繃之時，特偵組竟然起訴李登輝。馬英九過去一向尊李，現下不好為選舉而口出惡言批評，便改由吳敦義重炮轟擊。吳敦義稱，李登輝過去十三年間造成黑金政治猖獗，又說李登輝對台灣民主曾經作出過貢獻，但也恐怕產生了負擔。
李登輝被指推動總統及地方直選，但為了求得勝選而與地方派系結合，以黑金來創造勝選的利基。李登輝執政時，他是黨政一把抓，兼任國民黨主席，背負了國民黨的功過。國民黨再度執政，卻清算李登輝的黑金派系，其實黨本身也難辭其咎：難道國民黨沒有因之受惠，黨內上下沒有分食執政大餅？如此回頭攻擊李登輝黑金，風險不小。當然，馬英九執政後也步李登輝後塵，兼任黨主席，所幸馬英九清廉，加上黨內改革績效有目共睹，社會評價正面。
對李登輝的指控，○八年已由陳水扁告發，當時不起訴可謂錯過時機，至今才行動，難免讓人認為就如當年陳水扁政府起訴馬英九的特別費案一樣，意在使馬英九失去競選資格，乃選舉的濫招。
李登輝垂垂老矣，政壇影響力日薄，當下被起訴，又遭到吳敦義炮轟，讓幾乎被人淡忘的他重上政治舞台，與馬英九對決。李登輝若於選舉期間被判重刑，政壇勢起波濤。馬英九應腳踏實地以政績牌打選戰，吳敦義的重炮未必有利勝選，也委實大材小用。