忽然間，台灣最高檢察署特偵組指稱，前總統李登輝等人非法挪用公款七百七十九萬美元，將依照貪污治罪條例、洗錢防制法予以起訴。事實上，李登輝即使有罪，也因為年紀已過八十，不會像陳水扁那樣坐牢。不過，如此一來，藍營選民會拍手稱快，對馬英九不會再「含淚投票」，而是痛痛快快去支持馬英九。
台灣最高檢察署特偵組在起訴書中指，李登輝身為元首，應作為全民表率，但他擅自將國安密帳剩餘的公款七百七十九萬美元，以洗錢方式挪為私用，事後還否認卸責，毫無悔意。起訴書還指出，台灣綜合研究院創辦人劉泰英涉嫌共同侵佔公款，犯行明確，事後不知悔改，還矢口狡賴，品行惡劣。
國安密帳案是一九九八到一九九九年期間，當時被稱為國民黨大掌櫃的劉泰英透過洗錢的方式，將奉天專案當中的台幣二億五千萬公款挪為私用。檢方強調，劉李關係非常密切，後者怎麼會不知情？
李登輝所支持的台聯黨主席黃昆輝表示，李登輝對於自己被起訴感到非常驚訝，並認為這是馬英九總統為了選舉，利用司法挾怨報復，肅清異己的舉動。然而，民進黨主席蔡英文競選辦公室則表示，這是發生在二○○○年前的司法案件，民進黨無法評論。
到底起訴李登輝是否馬英九的陰謀，相信這是沒有答案的問題。馬英九方面一定會說不會干預司法獨立，對此不信者恒不信，信者則恒信。原來，深藍的選民不滿馬英九對綠營心慈手軟，故影響了之前的選舉，這回便給他們理由投小馬哥票。