香港機場建第三條跑道的同時，將面對內地高速發展的高鐵網絡挑戰，影響所及，香港飛內地城市航班以及國際航線轉飛內地航班有可能被內地高鐵網絡分流。
以內地高鐵加速的情況看，今年六月開通的京滬線會是四百公里時速，況且正測試五百公里時速，中短程將可由高鐵大致取代空運。即使如深圳或香港到北京，四、五百公里時速，行程便是五、六個小時，與現時的空運時間相若，且少了誤點的風險。可見，高鐵可能搶走不少旅客。
國際例子顯示，一條高鐵可相等於一條新跑道。香港機場正面對歷史上從未有的龐大高鐵網絡的挑戰，是以，應對之策不是擴建跑道便算，而應該同時建高鐵至深圳，然後連接全國高鐵網絡，從而建立空鐵聯運，把挑戰轉化為機會，可不能像現時建議的香港機場連接深圳機場和正在填海的前海。
空鐵聯運的作用是香港機場主要作國際航運，通過高鐵連接內地大中城市，以及在珠三角與廣州、深圳爭奪國際航班客源。例如，武漢可三小時到香港機場再飛海外，海外到香港機場接上高鐵兩小時到長沙、三小時到武漢、兩小時到潮汕、三小時到泉州漳州、半小時到深圳、一小時到廣州。隨着內地往海外旅客增加，香港機場依恃高鐵聯運，客流擴大，第三條跑道便可發揮作用。
正如前述，空鐵聯運要求香港機場現時便要建至深圳的高鐵，要省時間金錢，可由內地代建，趕在今後幾年開通。