經深圳灣口岸為往返內地旅客提供更大的方便與快捷，一直深受屯門區居民歡迎。不過，經常穿梭深港兩地的陳先生卻反映，行走屯門碼頭與深圳灣口岸的城巴B3線班次不足，導致旅程的時間大大延長。陳日前於屯門泳池站等候B3線，足足等候四十分鐘始能登車，認為城巴應該加強該線服務。
城巴發言人調查班次記錄後表示，該時段的班次應為三十分鐘，惟當時湖翠路一帶正進行道路工程，以致附近一帶出現交通擠塞，影響班次到達分站時間。發言人又強調，現有班次服務已能配合乘客需求，將會維持現有交通安排。
屯門區區議員蘇愛群指出，不少屯門居民均會乘該線北上工作及消遣，於周六、日等假期一般較為繁忙，加上湖翠路一帶正有掘路工程進行，令車程大大延長，亦未能配合乘客高峰期的需求，建議城巴增加上述日子的班次，以疏導乘客。