菲特警涉誤殺港人質
八名遇害港人究竟是被誰的子彈所殺？雖然警方早前指他們全是屠夫門多薩殺害，菲國司法部長德利馬亦下達「封口令」，欲杜絕報告內容外洩，但菲國媒體仍公開一份調查文件，顯示肇事旅巴車身有二十個警方射穿的子彈孔，包括領隊謝廷駿所處的車頭位置，及其他人質所處的窗邊位置。報道指，當局正調查部分人質是否被警方誤殺或誤傷。
菲律賓電視台ABS-CBN取得的文件顯示，整輛旅遊巴有多達二十個彈孔是由特警從外面射進車內，包括在車頭擋風玻璃的右上方、左右兩邊車頭燈及左邊泵把、左邊司機位旁的車窗、右邊車胎。當局正對旅巴的彈孔作彈道測試，以判斷是否有部分人質被特警誤殺或誤傷。當日有份參與拯救人質行動的警員已繳出他們的手槍，以便進行彈道測試。
車頭最多彈孔
事發當日門多薩不時站在近車頭位置，其後遇害的領隊謝廷駿當時亦被鎖於該處。門多薩曾站於車門示警，最終亦於該處被特警槍殺，因此那裏亦是特警遺下最多彈孔的地方，每個彈孔相隔距離亦比較密集。在近車頭的車門旁邊，共發現六個彈孔，另一個則被發現於車門的對角位，可能是當時特警瞄準門多薩開槍。
除了警方在車窗及車身留下的彈孔外，車廂內部亦彈痕纍纍，車頂亦有子彈孔，顯示慘劇現場曾經歷槍林彈雨一幕。部分座椅頭墊亦被打中，其中一個頭墊有多達四個彈孔。報道沒有指明該座椅是屬於第幾排座位，亦沒有說明當時有否人質坐於該座位上。不過，據生還者李瀅銓透露，門多薩事發時要求每排只可坐一個人，其後每走過一行座位就開槍。另一名生還者陳國柱亦曾透露，門多薩曾瞄準人質的頭部開槍，兩人的證供與車廂內彈孔位置亦符合。
門多薩中八槍
報道亦引述驗屍報告指，門多薩當日身中八槍死亡，其中一槍擊中右眼眉上方，頸部、左肩及手臂各中兩槍，另一槍則於左腳。
馬尼拉警區總長馬格蒂拜為當日拯救行動的指揮官，他的表現被批評得體無完膚，並已被停職。他前日公開道歉，強調當時已竭盡所能。他說：「我只能說我對無辜的犧牲者感抱歉，並對死難者的家屬作出慰問。」內政部長林炳智和內政部副部長普諾均否認當日有份處理人質事件。參議員安加拉要求官員就此事問責下台，並說：「應該有人提出請辭，而不是等總統革職。若在其他國家，這些事情早已導致高官立即引咎辭職。」