簽訂ＥＣＦＡ，是兩岸分治六十年來重要的里程碑，未來兩岸在經濟上快速整合，讓台灣免於被邊緣化，開創新風貌。然而，任何議題有利亦有弊，過去台灣加入世貿組織，部分產業受到衝擊，負面影響經過多年才逐漸消化，但世貿是純經濟議題，社會共識高；今ＥＣＦＡ牽動了敏感的兩岸關係，在野黨的反對必誇大政治效應，而弱勢產業又因ＥＣＦＡ的開放壓力大增，勢將引起嚴重的政治效應，這是馬英九政府的嚴酷考驗。
兩岸關係進入新的盤整期。台灣獲得五百三十九個項目列入早收清單，貿易額達一百三十八億美元，大陸的早收清單卻只及台灣的一半，金額更只是五分之一。台灣民眾質疑在讓利背後的政治意圖為何？這也成了在野黨的政治操作標的。台灣藍綠對立，ＥＣＦＡ生效後引起的反覆杯葛與紛爭，勢將削弱ＥＣＦＡ帶來的有利形勢。
面臨年底五都選舉的壓力，馬英九政府硬推快簽ＥＣＦＡ，必引發強烈反響。有民調顯示，贊成簽訂ＥＣＦＡ的人有五成，反對者也高達四成，差距不大；加之綠營已再提交公投的申請，今後公投ＥＣＦＡ成了民進黨選舉的利器。更何況，李登輝高呼棄馬英九保台灣，除了是綠營的號召外，還有來自國民黨內部本土派勢力對政權不保的焦慮。李登輝對國民黨本土派仍有剩餘影響力，這是馬英九尊重他的原因，但諷刺的是，馬英九尊李並沒有換得李登輝對他的支持。
簽訂ＥＣＦＡ，讓馬英九面臨兩面作戰：對外要妥善應對兩岸關係新局，對內又要應付在野黨一連串的政治攻勢，以免牽動年底的五都選舉和二○一二年大選。ＥＣＦＡ是利是弊，目前言之過早。