吳敦義上任後少論及兩岸問題，近接受媒體訪問時譜出了他的理想藍圖，美台軍售遭北京強烈抗議，吳敦義表示理解大陸反對美國對台軍售的態度，他也認為，大陸應撤導彈，或將導彈往後撤幾百公里，並不影響射程，如果撤一下，可能感覺就會好很多。

馬英九多次提出北京應撤導彈，因台灣民眾心中擔心的是大陸瞄準台灣的一千多枚導彈，兩岸萬一起衝突，豈不是按鈕一觸危機即到，兩千三百萬人的安危可虞。如今，兩岸正朝着和平發展的方向邁進，在經濟發展的交融上，已是求取互利互惠的正果，不應再有兩岸的敵對兵戎相見，期待中國大陸撤導彈，解除台灣人心中的憂慮與恐懼。

其實，中國大陸將導彈往後撤幾百公里或是撤除導彈都只是友善態度的表徵，導彈撤了，必要時馬上又可以裝回去，兩岸若無和平架構的機制向前行，對準台灣的導彈永遠是台灣人心中的夢魘。

台灣朝野對立，內部事務爭議不休，但要求中共撤導彈卻有高度的共識，民進黨更以「反導彈，要和平」作為政治訴求，北京遲遲未有任何回應，難道是要以導彈抗斥台獨？問題是，中共真的撤了導彈，台灣還會向美國購買軍火嗎？看來台灣不會放棄購武，北京也不會撤導彈，兩岸各有堅持，這是一道無解的難題。