北京國台辦和馬英九政府都愛面子，說是有技術性問題還要商議，所以暫時擱置。其實，是因為涉及課稅的「主權」問題難以撇清。

事後，馬英九還說了，對台灣人民有利的事才做。固然，他沒有指明這話的特指問題，但是，大家都知道他是怕被綠營抓辮子，所以叫停。有人批評馬英九沒有政治魄力，只是當群眾的尾巴，尤其是綠營的尾巴。平實而看，馬英九確實也是顧忌選票，是非常不現實的想當一個又受藍營支持，又有綠營選票的全民總統。不過，他也有固有的理念問題，他既是中華民國的總統，自然要考慮「主權」。而事實上，未來兩岸兩會協商，將面臨更多政治內涵的挑戰。

其實，在第三次「陳江會」中的司法協助議題，已產生類似困擾，只不過當時雙方沒再深入探討司法管轄權的定位，遂使「主權」爭議得以平息。

應該說，ECFA議題不涉政治，馬英九已多次說明：這是一項平等互惠的協議，不會出現「一中原則」的前提，當然就不會有台灣被矮化的問題。大陸海協會會長陳雲林也表示，商簽ECFA是一個單純的經濟問題，不涉及任何政治敏感問題。

另外，簽署後大陸產品會否傾銷台灣？ECFA這個框架協議就如同一本書的目錄，只是確定未來雙方開放與合作的範圍，至於大陸有甚麼產品進來，還要台灣具體放行。而迹象顯示，一定是台灣嚴大陸寬。但是，台灣許多學者判斷，北京的配合不會是完全免費的午餐，政治議題對話，將是時間早晚的問題。