然而，港珠澳大橋工程更大的威脅，是來自深圳和中山悄悄進行的「深中通道」。相信兩地更急切地等待港珠澳大橋動工，只要這邊一動工，他們也就緊跟而上，而且一定比港珠澳大橋先完工。這樣，對港珠澳大橋車流更會造成摧毀性打擊。

國務院批准港珠澳大橋計劃時，還提供五十億元人民幣作為資本金，中央對這個項目的支援應該是沒得說的了。不過，國務院批覆的文件強調，港珠澳大橋將「密切珠江西岸地區與香港地區的經濟社會聯繫，保持港澳地區的持續繁榮穩定」，可見北京對於該橋的側重點還是放在港澳身上，未如內地一些專家那樣強調這條橋是中國沿海大動脈的重要樞紐。

那麼，南中國沿海交通跨珠江的重要樞紐給了誰呢？是不是給了「深中通道」呢？暫時不得而知，但不會超過年底就會揭曉，因為「深中通道」的可行性報告也很快就提交。深圳和中山資金充裕，已各自出了前期研究的資金。

按「深中通道」原來公開的資料，當局提出建設海底隧道工程的過江方案，可避開跨海大橋方案的負面影響。「深中通道」是按公路鐵路聯合方式修建，連通廣珠、廣湛，以至南寧和北海的高速公路，可上深汕高速公路直通上海；鐵路則連通廈深高速鐵路和廣深、廣珠鐵路，還通往南寧和越南、新加坡的泛亞鐵路。兩相對比，便可知道哪個效益好。屆時，必然是港珠澳大橋冷冷清清，「深中通道」熱熱鬧鬧。