雖然副局長與常秘沒有從屬關係，但副局長在署任局長時，常秘就要向副局長問責，關係看似令人迷惑，其實並不矛盾。關鍵在於常秘要服從局長的指令，當副局長行使（即署任）局長的權力時，常秘與他（她）的關係就具有從屬性，而且副局長經局長授權之下，可向常秘傳達局長的意見和工作優先次序。

很大程度上，香港是參考英國的部長制作為問責制的藍本，卻限於政治環境與人才不足，而難以照搬後者的做法。舉例而言，在英國，部長之下設有幾位助理部長（相當於香港的副局長）協助部長處理與議會、傳媒、商界及民間團體等各方面的關係。

值得注意的是，助理部長具有豐富的從政經驗，不少人還是議會內的年輕議員，極有培養價值。職是之故，英國的常務次官（相當於香港的常秘）毋須到議會為政策辯護，這應該是部長及助理部長的職責，常務次官去議會只是提供客觀數據及相關政策資料而已，這就是政治中立原則的具體體現。

對比強烈的，是特區政府的副局長多為「政治新鮮人」，上位之際仍是實習生，到立法會為政策辯護時多手忙腳亂，政府只能依靠有豐富行政經驗的常秘越俎代庖，成為政治的犧牲品，影響之下，政務官與高級公務員多怨聲載道。

在未來一段時間內，這種局面難以改變，議員的政治經驗與辯才，均優於副局長及政治助理，在立法會的特定環境下，問責官員極難反客為主，更何況「執政聯盟」與政府貌合神離。