99年 終審法院裁定，港人內地子女即使出生時其父或母都未取得香港永久性居民身份，都可享有居港權，又指本港法院有權審理人大或人大常委的議案，若議案違反《基本法》，本港法院有權宣告其無效。判決在中港兩地都引起極大爭議，最終引發人大常委會首次釋法推翻有關判決。
00年 審計署發表報告，狠批司法機構未有盡用資源，令法庭經常丟空，大量案件積壓，案件輪候時間嚴重超標。
03年 港府出現嚴重財赤，但司法人員堅拒跟隨整體公務員減薪與市民共度時艱，其後司法機構更進一步建議立法永久禁止法官減薪，但不為政府及市民接納。
03年 前上訴庭法官王見秋爆出免費機票風波，繼而揭發還有多名退休法官獲准領取雙重福利，李國能其後發出《法官行為指引》補鑊，但一直未有就事件公開認錯道歉。
08年 原訟庭法官彭鍵基爆出「一案三判」醜聞，又被指獲准兼任多項公職影響審案質素，李國能最終只對彭鍵基忠告了事，被質疑護短。