今次達賴風波，北京雖然在矛頭上和輿論上集中打民進黨，對「台灣當局」和馬英九無點名批判，但北京也明確表示「達賴到台勢必對兩岸關係造成不利影響」，這即表明，馬英九政府對這場風波也要負起責任，承擔後果，北京並不會因為「馬英九有內外壓力」、「馬英九政治處境困難」而完全「諒解」他。事實上，馬英九頂住壓力，不批准達賴入台，並非不可能，天也塌不下來。馬英九之所以「退讓」還是有他自身的原因，他在骨子裏，他的政治理念，都是和達賴之流親近的，他不會覺得達賴訪台有甚麼問題。有了這些自身的原因，他就很容易以「政治壓力」、「民意壓力」為藉口，對達賴訪台放行。
除此之外，馬英九還耍了些手腕，「放行達賴」，可以測試一下北京的底線、北京的反應。北京這一年來對他「太好」了，不但經貿上有求必應，而且在他的所謂「活路外交」上也是大開綠燈，讓他拓展了不少「國際空間」。而北京提出的想法，如兩岸應盡快觸及「解決兩岸政治難題」的商談，實現「胡馬會」的可能性等等，馬英九都諸多推搪，反應冷談。儘管如此，北京也沒有「逼」他，而是耐心等待。北京的「關照」和「忍讓」令馬英九有些飄飄然，以為可以「得寸進尺」北京無奈我何。這次批准達賴入台，就是要在這個問題上和北京「別別苗頭」，看看北京對他的容忍性到甚麼程度。
當然，整件事的始作俑者是民進黨中的一些政客，馬英九對這件事是「半推半就」、「欲拒還迎」，然後塞進自己的貨色。對此，北京一方面要狠批民進黨政客，一方面對馬英九也要還以幾分顏色。達賴到台後，北京對「兩岸新航點首航儀式全部喊停」，原本由國台辦主任王毅出席的「遼寧台灣周」改由主任助理李亞飛出席。北京要表明，改善兩岸關係，對馬英九好，對台灣好，不是無原則的。